Вообще не желательно менять местами крышки шатунов. Но раз уж так получилось, то можно попробовать затянуть один шатун, провернуть коленвал. Если зажимает, то поменять крышки местами. А если не зажимает и вал свободно проворачивается, то ничего страшного не должно быть.